|
|
Vyhledávání homologních genů
Lýčková, Veronika ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou homologních genů a popisem molekulárně biologických databází, které slouží k jejich vyhledávání a vzájemnému porovnávání. Mezi nejdůležitější instituce, které se zabývají správou dat a jejich analýzou, patří EBI, NCBI a CIB. Pro vyhledávání homologních genů je nejzásadnější NCBI – Národní centrum pro biotechnologické informace. Bližší pozornost je věnována vyhledávacím algoritmům homologních genů jako jsou například blastn a PatternHunter. Praktická část této diplomové práce je pak realizace algoritmu srovnávajícího dvě sekvence a nacházejícího homologní geny, a to jak na základě sekvence nukleotidů, tak aminokyselin. Výsledky z vytvořeného programu budou dále konfrontovány s výsledky z komerčně dostupných programů.
|
|
|
Pokročilé zarovnávání a určování genetické odlišnosti sekvencí DNA
Trněný, Ondřej ; Provazník, Ivo (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Biologické sekvence se neustále vyvíjejí, dochází u nich k mutacím, delecím a inzercím. Z důvodu potřeby klasifikovat sekvence a stanovit míru jejich podobnosti byly vytvořeny metody pro jejich zarovnání jako jsou bodová matice nebo algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman pro globální a lokální zarovnání. Tyto konzervativní metody jsou však omezeny na předpoklad, že přestože došlo v sekvencích ke změnám, zachovaly si malou vzdálenost mezi podobnými úseky. Proto byly vytvořeny metody pro porovnání bez zarovnání, jako je metoda znaků v sekvenci, Euklidovská vzdálenost nebo Univerzální sekvenční mapy, které se snaží nedostatky metod využívajících zarovnání eliminovat.
|
|
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
|
|
Pokročilé zarovnávání a určování genetické odlišnosti sekvencí DNA
Trněný, Ondřej ; Provazník, Ivo (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Biologické sekvence se neustále vyvíjejí, dochází u nich k mutacím, delecím a inzercím. Z důvodu potřeby klasifikovat sekvence a stanovit míru jejich podobnosti byly vytvořeny metody pro jejich zarovnání jako jsou bodová matice nebo algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman pro globální a lokální zarovnání. Tyto konzervativní metody jsou však omezeny na předpoklad, že přestože došlo v sekvencích ke změnám, zachovaly si malou vzdálenost mezi podobnými úseky. Proto byly vytvořeny metody pro porovnání bez zarovnání, jako je metoda znaků v sekvenci, Euklidovská vzdálenost nebo Univerzální sekvenční mapy, které se snaží nedostatky metod využívajících zarovnání eliminovat.
|
|
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
|
|
Vyhledávání homologních genů
Lýčková, Veronika ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou homologních genů a popisem molekulárně biologických databází, které slouží k jejich vyhledávání a vzájemnému porovnávání. Mezi nejdůležitější instituce, které se zabývají správou dat a jejich analýzou, patří EBI, NCBI a CIB. Pro vyhledávání homologních genů je nejzásadnější NCBI – Národní centrum pro biotechnologické informace. Bližší pozornost je věnována vyhledávacím algoritmům homologních genů jako jsou například blastn a PatternHunter. Praktická část této diplomové práce je pak realizace algoritmu srovnávajícího dvě sekvence a nacházejícího homologní geny, a to jak na základě sekvence nukleotidů, tak aminokyselin. Výsledky z vytvořeného programu budou dále konfrontovány s výsledky z komerčně dostupných programů.
|
host ::
RSS.